סערת הכותל הרפורמי יצרה לא מעט מחלוקות בתוך המגזר החרדי, אך כעת המלחמה עולה מדרגה והופכת לקרב בין הרבנות הראשית לרב הכותל הגאון הרב שמואל רבינוביץ'.
בכירים ברבנות הראשית הגיבו בזעם למכתבו של רב הכותל לרב הראשי הגאון רבי דוד לאו, מכתב בו הוא דורש לכנס בדחיפות את מועצות הרבנות הראשית בכדי לדון בחילול הכותל המערבי.
לדברי הבכירים במועצת הרבנות הראשית: "השגיאות שהרב רבינוביץ' עשה לכל אורך הדרך והסכם שהוא טווה עם הרפורמים הביאו אותנו למצב שבו אנו נמצאים".
"היה מצופה ממנו שכרגע יניח ל'מבוגרים האחראיים' לטפל בנושא ולתקן בתבונה רבה את הנזקים את הנזקים שהוא יצר. אף אחד לא זקוק לעצותיו ה'מחכימות' שהביאו אותנו עד הלום", תוקפים בכירי הרבנות הראשית.
מנגד בלשכת הגר"ש רבינוביץ' אמרו ל"כיכר השבת", כי "אינם מתכוונים להגיב על גורמים אנונימיים ברבנות הראשית, אשר כל העת מטילים רפש ברב הכותל אשר נאבק לבד על קדושת הכותל המערבי, שהם משתמשים בהודעות אנונימיות ובחוסר מעש מוחלט".
לדבריהם: "עיניהם רואות את ההידרדרות ואפילו מילה אחת לא נשמעת מפיהם. אותם "אחראים" עם "האחריות" הגדולה הגיע הזמן שיעמדו בפרץ וימנעו את חילול הקודש".
"לצערנו" הוסיפו בכירים בלשכת רב הכותל, "השימוש שנעשה כל הזמן בהודעות האנונימיות ובפרש שהטילו על אחרים הם שיצרו את ההידרדרות, שהמחיר עליהם משלם עם ישראל וקדושת הכותל".