רגע מעצר המחבל (צילום: חטיבת דובר המשטרה)
על פי מידע של שירות הביטחון הכללי, יחידת הפח"ע של מחוז ש"י ובסיוע כוחות צה"ל מחטיבת בנימין, ניתן האות למעצרם של חברי החוליה שרצחו את דני גונן הי"ד.
לפני כשבועיים יצאו הכוחות ועצרו את המחבלים בעין בובים. "זהו מסר חשוב וברור לכל פעילי הטרור באשר הם שהזרוע הארוכה של כוחות הביטחון תגיע לכל אחד מהם ותביאו לדין", הדגיש מפקד משמר הגבול, ניצב עמוס יעקב.
כפי שהותר לפרסום מוקדם יותר, לאחר הפיגוע בוצע על ידי שב"כ וצה"ל גל מעצרים באזור, במהלכו נעצרו פעילים מאזור רמאללה, אשר הודו בחקירתם בביצוע שורת פיגועים, לרבות הפיגוע בו נרצח גונן הי"ד.
המחבלים הודו בחקירתם בשב"כ כי קודם לביצוע פיגוע זה, ביצעו מספר פיגועי ירי לעבר כוחות הביטחון באיזור מחסום קלנדיה, וכי במסגרת ההכנות לפיגועים, תצפתו על אזור המעיין, במטרה לאתר יהודים השוהים במקום.