הטלטלה בעקבות יציאתו לחו"ל של ראש הישיבה במודיעין עילית, זאת בשל גל של שמועות אודותיו, נמשכת.
בימים האחרונים, לאחר דיונים קדחתניים אצל גדולי ישראל, הוחלט כי הנהלת ישיבת 'בית שמואל' בירושלים, בראשות הגאון רבי יצחק ארנפלד, תיקח תחת חסותה את ניהול ישיבת 'חמדת משה' הגדולה שכאמור ראש הישיבה שלה עזב לחו"ל וטרם חזר.
בהוראת חבר מועצת גדולי התורה, ראש ישיבת סלבודקא הגאון רבי משה הלל הירש, כראש ישיבה יכהן חתנו של ראש ישיבת בית שמואל, הרב הגאון רבי נחום בר חיים, המשמש כיום, כראש כולל בישיבת בית שמואל ומשיב בישיבת חברון.
בנוסף ישמש כראש ישיבה גם הגאון רבי אברהם לוינסון כשהשניים ימסרו שיעורים כלליים בפני התלמידים.
הרשם של ישיבת בית שמואל, הרב אורי זלזניק, ישמש כרשם גם בחמדת משה.
יצויין כי טרם נמצא פתרון לישיבת 'חמדת משה' הקטנה שבעצם סביבה נוצר המשבר הראשוני וכעת הסוגיה נמצאת בדיונים אצל גדולי ישראל.