תחת הכותרת "ביזיון ואפליה", מתייחסת מערכת עיתון "הארץ" לפרשת האפליה בבית-הספר בעמנואל, כשהיא תוקפת בחריפות את שר הדתות יעקב מרגי.
וכך נכתב: "פרשת האפליה של תלמידות מזרחיות בבית הספר לבנות בעמנואל חצתה השבוע גבול נוסף. בעוד עמותת "נוער כהלכה" שבה ועותרת לבג"ץ, הפעם בגלל ביזיון בית המשפט, הצהיר השר לשירותי דת יעקב מרגי מש"ס, כי "יש בית ספר ספרדי וכבר אין אפליה". כך, בקריצת הסכמה עם ראשי הציבור החרדי האשכנזי, הוסיפה הנהגת ש"ס חטא על פשע: היא מתכחשת לאפליה ומסייעת להפרה הבוטה של פסיקת בג"ץ מאוגוסט, שחייבה את בית הספר לשים קץ לאפליה משום שהיא מהווה עבירה חמורה על החוק.
"מאז הוגשה העתירה הראשונה בעניינו, נהפך בית הספר לבנות בעמנואל למקרה מבחן. השגרה הבזויה של בית הספר כוללת הפרדה בין תלמידות אשכנזיות למזרחיות, חיוב בתלבושת שונה ובתשלום שונה, הקמת מחיצה בין שני חלקי בית הספר ואפילו כניסות נפרדות לבנות שתי העדות.
"בג"ץ עמד אמנם על אופיה המיוחד של רשת החינוך החרדית, המנמקת את ההפרדה באמות מידה דתיות ולא עדתיות, אך ציין בצדק כי "הזכות לחינוך מגזרי אינה מוחלטת, בפרט כשהיא מתנגשת עם הזכות לשוויון". שום תירוץ הלכתי, מסורתי או אחר, לא יוכל להצדיק השפלה והדרה גסות כאלה כלפי כל אדם, קל וחומר כלפי ילדות צעירות".
וכאן, עובר "הארץ" למתקפה חזיתית: "ראשי ש"ס בועטים בחוק, אך גם בציבור בוחריהם. הם מפגינים כלפיהם זלזול טרגי, המעיד על השחתת מידותיהם של מנהיגי התנועה הזאת, החברתית-לכאורה. והלוא ש"ס הוקמה בשנות השמונים, לכאורה כדי להיאבק בקיפוח העדתי. קשה להאמין שהורי התלמידות יבלעו את התרמית שלפיה "אין אפליה", כי "מעיין החינוך התורני" הקים בעמנואל בית ספר למזרחיות בלבד. זהו טיוח, והכשרת דבר עבירה.
"משרד החינוך איים בשבוע שעבר בסנקציות נגד בית הספר, אך עד עתה לא פעל בתקיפות. אין שום סיבה שעמנואל תיהנה מן הספק שפתח תקוה לא זכתה לו עד שבג"ץ ישוב לדון בעניינה. על שר החינוך להורות למנהל רשת "בית יעקב" לבטל כל זכר לאפליה. ואם השגרה הפסולה תימשך, המדינה צריכה לנקוט את כל האמצעים שברשותה להפסקתה - משלילת מימון ועד לאכיפת השוויון בכוח".