המנהג הפשוט ברוב המקומות שאומרים סליחות באשמורת הבוקר, דהיינו בסוף הלילה לפני תפילת שחרית. ומרן הרב עובדיה יוסף שליט"א, הביא, שטעם המנהג לומר סליחות דוקא באשמורת הבוקר, הוא על פי מה שמבואר בזוהר הקדוש, שמשעות הבוקר מתעוררים חסדים בעולם, כפי שנאמר, יומם יצוה ה´ חסדו, ואילו משעת מנחה עד חצות הלילה מתעוררים מדות הדין, אולם משעת חצות הלילה מתעוררים שוב החסדים ומדות הרחמים, ולכן נעים זמירות ישראל דוד המלך אמר, חצות לילה אקום להודות לך. ולכן אין ראוי לומר סליחות בתחילת הלילה, שהוא זמן התגברות הדינים. והאריכו בזה רבותינו המקובלים, שאין לומר סליחות במחצית הראשונה של הלילה, וכן פשט המנהג בכל תפוצות ישראל לומר סליחות באשמורת הבוקר.
ומכל מקום, כתב מרן הרב עובדיה יוסף שליט"א, שמי שאינם יכולים לומר סליחות באשמורת הבוקר לפני תפילת שחרית, יכולים לומר סליחות לפני תפילת מנחה, ואף על פי שמבואר בזוהר שבשעת מנחה שולטת מדת הדין הקשה (מלבד ביום שבת שאדרבא בשעת מנחה מתעוררים מדות הרחמים), אף על פי כן נראה שמותר לומר סליחות לפני מנחה, וכשם שנוהגים בכל השנה לומר י"ג מדות ונפילת אפים בתפילת מנחה, והטעם הוא, משום שעיקר שליטת הדינים אינה אלא בלילה ממש, מזמן צאת הכוכבים ועד חצות הלילה.
ומכל מקום בתחילת הלילה, עדיף יותר שלא לומר סליחות בכלל, שרבותינו המקובלים כתבו, שמי שאומר סליחות בחצי הראשון של הלילה, גורם נזק, ולכן שב ואל תעשה עדיף.
ובני חוץ לארץ הרוצים לומר סליחות קודם זמן חצות הלילה במדינתם, ובארץ ישראל כבר הגיע זמן חצות, כגון במדינות אירופה, יש אומרים שרשאים לעשות כן משום שהכל תלוי בזמן חצות שבארץ ישראל.