מאז התפוצצות פרשת הרב והניצב נמתחה לא אחת ביקורת כנגד משטרת ישראל שכמה מטובי קציניה עומדים במרכזה. כעת, נוספת סיבה לביקורת, חמורה יותר מזו שנמתחה עד עתה. על פי הדיווח של העיתונאי יואב יצחק ב-News1, ממזכר פנימי שנכלל בחומר החקירה נגד האדמו"ר רבי יאשיהו פינטו עולות תהיות בנוגע להתנהלות המשטרה בעניין תנ"צ אפרים ברכה.
במזכר הפנימי שהוגש לבית המשפט העליון על ידי בכירת הפרקליטות עו"ד חני אופק ובכירים נוספים בצוות החקירה רפ"ק ענת גולטמן ועו"ד אלי שוורץ, כותבת רב-פקד גולטמן: "התקשרתי לאפרים ברכה וביקשתי ממנו לקבל: א. רשימת מספרי חשבונות החיסכון שלו, של אשתו ושל ילדיו. ב. רשימת מספרי העו"ש של אשתו ושל ילדיו. אפרים מסר, כי הוא מיופה כוח בחשבונות הבנק של אחיו (שמונה במספר) - ויש לו ייפוי כוח בלתי חוזר נוטריוני. בהתייעצות עם הפרקליט המלווה בתיק הוחלט כי מאחר שאפרים טוען שאלו לא חשבונות הבנק שלו, הרי שלא ייבדקו חשבונות אלו".
לפי הדיווח, לנוכח בקשתו של ברכה ענייניו הכספיים לא נחקרו. כך לדוגמה, לא נערכה בדיקה כלל בשמונת חשבונות הבנק של משפחתו להם יש לו ייפוי כוח בלתי חוזר נוטריוני. ההחלטה הזו התקבלה על ידי צוות החקירה המשטרתית (צח"מ).
מנגד, במכתב ששגרה פרקליטות המדינה לבית המשפט נטען כי התבצעה חקירה כנגד ברכה שכללה גם בדיקה מעמיקה בשמונת חשבונות הבנק. אך כפי שעולה מן הפרסום בניוז 1, לא בוצעה בדיקה כזו בחשבונות הבנק.
בהמשך נטען בפרסום האמור, כי החקירה התנהלה רק במשטרה ולא על ידי המחלקה לחקירות שוטרים כפי שדורש החוק וזאת כפי רצונם של רמי הדרג: פרקליט המדינה דאז משה לדור וראש אגף החקירות במשטרה יואב סגלוביץ. אחרי חשיפת המזכר הפנימי, התשובה לסימן השאלה מדוע מח"ש לא חקרה את התיק - ברורה.