הרמטכ"ל רב-אלוף גדי איזנקוט חזר בו מהחלטתו להעביר את ענף התודעה היהודית ברבנות הצבאית העוסק בהעברת תכנים בעלי זיקה יהודית לחיילי צה"ל לידי חיל החינוך, והורה להעבירו לאגף כוח אדם.
בשבועות האחרונים התקיימו דיונים רבים בנוגע לפעילות הענף שהוקם ב-2001. במהלך הדיונים הציעו באגף כוח אדם לסגור אותו ולהעבירו במתכונת מצומצמת לחיל החינוך והנוער.
ברבנות הצבאית התנגדו למהלך וטענו כי בחיל החינוך לא יידעו לטפל בכל נושא היהדות. הרמטכ"ל בסופו של דבר החליט שלא לקבל לגמרי את עמדת הרבנות להשאיר בידם את הענף והעבירו לאגף כוח אדם בראשות תת-אלוף חגי טופלנסקי שהיה המציע להעבירו מהרבנות.
תחת הענף פועלים שני מדורים - האחד המכונה מדור "ערכים ותודעה יהודית" שאחראי על הפצת תכנים כמו פרשת שבוע ושיעורים יומיים. ואילו השני אמון על ימי עיון, הרצאות בבסיסים, שבתות מיוחדות וכן הופעת להקת הרבנות הצבאית.
במהלך מבצע עופרת יצוקה בעזה הפיץ הענף חוברת בשם "לכו לחמו בלחמי" שכללה מסרים פוליטיים על ארץ ישראל. הרמטכ"ל דאז גבי אשכנזי קבע כי הפצת החוברת הייתה הפרת הסטטוס קוו.
עם פרוץ הסערה נמסר מדובר צה"ל בתגובה ל"כיכר השבת" כי "כחלק מהתוכנית הרב-שנתית גדעון, סוכם על שורה של בחינות ארגוניות הנעשות בימים אלה, בכללן נבחן גם המבנה הארגוני של חיל הרבנות הצבאית. טרם התקבלו החלטות בנושא. צה"ל ימשיך לקיים פעילויות חינוך ומורשת ביחידות הצבא, ובתוך כך פעילויות זהות יהודית".