במהלך חגי תשרי, תופעלנה הרכבות על פי לוח זמנים ייעודי, הכולל שינויים מסויימים בלוחות הזמנים והפעלת רכבות תגבור, במהלך ערבי החגים, מוצאי החגים ותקופת חול המועד.
לנוסעים מומלץ להתעדכן בזמני הנסיעות המדויקים באתר הרכבת, באפליקציה, ובפייסבוק.
ראש השנה
בערב ראש השנה, יום ראשון 9.9.18, תופעלנה רכבות הנוסעים על פי לוחות זמנים של ימי שישי.
ביום שני, 10.9.18, א' ראש השנה – לא תופעלנה רכבות.
ביום שלישי, 11.9.18, ב' ראש השנה – רכבות הנוסעים תופעלנה על פי לוח הזמנים של מוצאי שבת.
ביום רביעי, 12.9.18, רכבות הנוסעים תופעלנה על פי לוח זמנים מתוגבר של ימי ראשון.
יום הכיפורים
ביום שני, 17.9.18, תופעלנה רכבות הנוסעים על פי מתכונת מתוגברת של ימי חמישי.
בערב יום הכיפורים, יום שלישי 18.9.18, תופעלנה רכבות הנוסעים על פי לוחות זמנים של ימי שישי, החל משעה 11:00 (לערך) ועד לשעה 13:00 בקירוב, תסתיים תנועת הרכבות בהדרגה.
במוצאי יום כיפור, יום רביעי 19.9.18 לא תופעלנה רכבות, פרט לרכבת היוצאת מנהריה לתחנת נתב"ג בשעה 23:13. הרכבת תעבור בתחנות עכו; קריית מוצקין; תחנות חיפה; בנימינה; חדרה מערב; נתניה; הרצליה; תל אביב סבידור מרכז; תל אביב ההגנה, ותסיים את נסיעתה בתחנת נתב"ג.
תנועת הרכבות תחודש לאחר חצות, בתאריך 20.9.18 (בלילה שבין יום רביעי לחמישי).
סוכות ושמחת תורה
בערב סוכות, יום ראשון 23.9.18, ובערב חג שני (הושענא רבה), 30.9.18, תופעלנה הרכבות על פי לוח הזמנים של ימי שישי.
בצאת חג הסוכות, יום שני 24.9.18, ובמוצאי החג השני (שמחת תורה), 1.10.18, תופעלנה רכבות הנוסעים על פי לוח זמנים של מוצאי שבת.
במהלך ימי חוה"מ, 25-27.9.18, רכבות הנוסעים תופעלנה על פי מתכונת מתוגברת, בדומה ללוח זמני הרכבות של ימי ראשון וחמישי.
רכבת ישראל מזכירה לציבור הנוסעים כי שירות רכבות הלילה בקו העמק הוארך עד סיום חגי תשרי, וזאת במטרה לאפשר למבלים בחגים להגיע ליעדם באמצעות נסיעה נוחה, קצרה ובטוחה. עם סיום חגי תשרי, יחזור שירות הרכבות למתכונת רגילה, בהתאם ללוח זמני הרכבות הקבוע.
ביום שלישי, 2.10.18, איסרו-חג, רכבות הנוסעים תופעלנה על פי מתכונת מתוגברת של ימי ראשון.