עין לא נותרה יבשה כאשר זקני קלינינגרד הופיעו לפתיחתו מחדש של בית הכנסת הגדול בקהילה, שהיה הראשון להיחרב בידי הנאצים ימ"ש ב'ליל הבדולח' המפורסם, שכן קלינינגרד המשמשת מובלעת רוסית בין פולין לבין ליטא, היתה באותם ימים תחת שליטה גרמנית ונקראה בשם 'קניגסברג', שהוא גם השם היהודי הנודע של העיר.
הישישים, שהיו אז ילדים צעירים וראו את בית הכנסת בחורבנו, סגרו כעת מעגל מרגש והשתתפו בבנייתו מחדש. וכך, במקום בו החל ליל הבדולח, שהיה בעצם יריית הפתיחה להשמדה ההמונית של יהודי אירופה, הוחלט, 80 שנה לאחר מכן, לפתוח את בית הכנסת מחדש, תחת הסיסמה "פה התחיל הרוע ופה הוא חייב להסתיים".
יהודים החלו להתיישב בקניגסברג החל מסוף המאה ה-17, ובמחצית המאה ה-18 כבר הייתה בקניגסברג קהילה יהודית מבוססת. גם אבי תנועת המוסר, מרן רבי ישראל סלנטר זי"ע, חי בעיר בשנותיו האחרונות, ושם מנוחתו כבוד.
בקניגסברג היה כנראה בית דפוס גדול ועתיק למדי, ייתכן שבבעלות יהודית. ספרים רבים וייחודיים הודפסו בקניגסברג, כולל ספרים מראשוני החסידות כמו כתבי המגיד ממעזריטש ועוד.
עם עליית הנאצים לשלטון בשנת תרצ"ג, היו בקניגסברג כ-4,000 יהודים. הגרמנים במזרח פרוסיה היו בעלי נטיות לאומניות ואנטישמיות חזקות, והקהילה הקטנה נאלצה להתאחד מול החקיקה האנטי יהודית.
בליל הבדולח, שרף המון גרמני את חמשת בתי הכנסת של קניגסברג, וחלק מבית הספר ששכן באחד מבתי הכנסת. מעט מיהודי העיר הצליח להגר ממנה, אולם רובם נשלחו אל מחנה הריכוז טרזיינשטט עד סוף תש"ב, ושם נעקדו על קידוש ה'.
עם כיבוש העיר בידי הסובייטים, נותרו בה יהודים מעטים. בשנים האחרונות חודשה בה הקהילה היהודית בידי שליח חב"ד ורב העיר הרב דוד שדוויק, תחת איגוד הקהילות היהודיות ברוסיה בראשות רבה של רוסיה הגאון רבי בערל לאזאר. במקום הוקמו שורה של מוסדות קהילה מפוארים, בית ספר יהודי 'אור אבנר' וקהילה יהודית תוססת.
בנאומו ציין הגר"ב לאזאר את העבר המפואר של הקהילה היהודית בעיר חשובה זו, והעובדה שהבניין ההיסטורי של בית הכנסת חזר עכשיו לפעול - מלמד ומוכיח כי הדור החדש מוכן להחיות את תהילת אבותיהם ואת תפארת הקהילה, וזהו ניצחון אמיתי על הנאצים ימ"ש. הרב הביע את תודת כלל יהודי העיר לתורמים הנכבדים, שבזכותם התאפשר שחזור בית הכנסת ההיסטורי, וקרא לכל בני הקהילה להשתתף תמידין כסדרן בתפילות, שיעורי תורה וחסידות, ופעילות יהודית רוחנית לכל הגילאים.
תהליך שחזור בית הכנסת, התחיל למעשה לפני 20 שנה, כאשר עמד בראש העיר אחד מאנשי העסקים המצליחים ביותר של קלינינגרד, ולדימיר כצמן. כצמן, שעלה מהעיר גרוזני, בירת צ'צ'ניה, יזם שני פרויקטים שאפתניים. הראשון שבהם, הקמת האנדרטה לזכר קורבנות הטבח באסירים במחנה הריכוז שטוטהוף, ולפני כעשרים שנה הונחה אבן הפינה לבית הכנסת הישן-חדש.
הארכיטקטורה של בית הכנסת מיוחדת במינה. הכיפה יוצרה ע"י מומחה מהעיר ריגה ומשקלה כ-23 טונות. הבנאים שמרו על הצורה החיצונית של הבניין בדומה לתבנית בית הכנסת העתיק. גובה בית הכנסת הוא 36 מטר, והיהלום שבכתר - ויטראז'ים על פי ציוריו של מארק שאגאל בנושא בריאת העולם. חזית בית הכנסת החדש בקלינינגרד משחזרת אפוא בדיוק, את קווי המתאר של בית הכנסת המקורי.
לדברי המארגנים: "מיקום בית הכנסת באתר ההיסטורי של מרכז יהודי רחב למדי, תייפה ללא ספק את העיר ותגדיל את יוקרתה של הקהילה היהודית. אך בהכרח תהיה משימה למלא אותה בפעילות יהודית, חסידית ותרבותית ראויה, להפוך אותה למרכז חיים רוחניים".