לאחר שנראה היה שהיחסים בין המדינות מסתדרים, הרוסים שוב מאשימים את ישראל שהיא נהגה באופן לא זהיר וסיכנה בעת שתקפה אמש בסוריה שתי טיסות אזרחיות. לטענת הרוסים הם אף הפילו 87% מהטילים הישראלים.
לפי דובר משרד ההגנה הרוסי, איגור קונשנקוב, את התקיפה ביצעו שישה מטוסי F-16 ישראלים שטסו בשטח לבנון. הוא אמר לעיתונאים כי מדובר ב"פעולה פרובוקטיבית של חיל האוויר הישראלי שסיכנה ישירות שני מטוסים אזרחיים שנחתו בדמשק ובביירות, וסיכנה את הנוסעים".
לפי הדיווח הרוסי, ישראל שיגרו 16 טילים המצוידים בפצצות חודרות בונקר GBU-39, אך על פי טענות הרוסים, רק שתי פצצות חכמות פגעו ביעדיהן ו-14 הטילים האחרים יורטו על ידי ההגנה האווירית הסורית. הפצצות שכן פגעו גרמו נזק לאתר לוגיסטי המרוחק 7 ק"מ מדמשק, והובילו לפציעתם של שבעה בני אדם שהיו במקום.
במוסקבה טענו, כי הצבא הסורי לא הפעיל טילי קרקע אוויר ואמצעי לוחמה אלקטרוניים על מנת "למנוע טרגדיה", כלשונם, ואפשר לבקרה האווירית בדמשק להסיט את אחד ממטוסי הנוסעים לשדה תעופה אחר, בסיס חמימים הרוסי שבמערב סוריה. הדברים נראים גם בתיעוד המכ"מ שמראה שהמטוס שינה את מסלולו.
כזכור, נוצרה מתיחות בין מוסקבה לירושלים לאחר שמטוס מודיעין רוסי הופל ואנשי צוותו נהרגו בידי טילים סוריים שנורו על מטוסי חיל האוויר הישראלי בעת שתקפו בסוריה.
מאז ביקרו במוסקבה שתי משלחות ישראליות בכירות וכן ביקרה בישראל משלחת רוסית בכירה במטרה להגיע להסדרי ביטחון בין שתי המדינות תוך שמירת האינטרסים המשותפים. כעת לא ברור האם מדובר בטעות או בהאשמות שווא ובחיל האוויר סביר להניח שבודקים את הטענות כדי להשיב לרוסים.