לאחר חודש ימים בהם כובד הראשל"צ הרב יצחק יוסף למלאות את מקום אביו הגדול מרן פוסק הדור רבי עובדיה יוסף זצוק"ל ולמסור מידי יום את השיעור היומי מידי בוקר בבית מדרשו של הרב ל"כיכר השבת" נודע כי הרב יצחק הפסיק להגיע לבית המדרש של אביו.
בתום ה'שלושים' על מרן פוסק הדור זצ"ל, הפסיק בנו רבי יצחק יוסף להגיע לתפילת שחרית ברחוב הקבלן 45 ומי שממלא את מקום מרן זצ"ל הוא הגאון רבי משה יוסף, ראש בד"צ 'בית יוסף'.
הרב יצחק חזר להתפלל בבית הכנסת הסמוך לביתו בשכונת סנהדריה בירושלים.
עם פטירתו של מרן הגר"ע יוסף זצ"ל היו גורמים בש"ס שייעדו את הגר"י יוסף כיורשו התורני של מרן זצ"ל וסימנו זאת בכך שהרב יצחק ימלא את מקום אביו מידי בוקר ברחוב הקבלן 45, אך כאמור הדבר הופסק.
יצוין כי הגר"י יוסף ימשיך למסור את השיעור השבועי במוצאי שבת, לצד אחיו חבר מועצת חכמי התורה הגאון רבי דוד יוסף.
