בישיבת 'בית שמואל' הוחלט על הקמת סניף בירושלים, בשלב ראשון לבחורים מבוגרים - "קיבוץ", בשפת עולם הישיבות, בראשה יעמוד הגאון רבי נחום בר חיים, חתנו של רה"י (בארץ)
לאחר הטלטלה בישיבת "חמדת משה" במודיעין עילית, עם עזיבת ראש הישיבה, הכריע הגרמ"ה הירש כי שני ראשי ישיבות ימונו לישיבה, שתהיה תחת החסות של ישיבת "בית שמואל" (חרדים)