התקיפה האמריקאית במהלך סוף השבוע בסוריה מעמידה את מערכת הביטחון הישראלית במצב דרוך. על פי ההערכות בישראל למרות הטילים הרבים נגרם נזק מזערי לסורים בשל העובדה שהיה להם כמה ימים להיערך לפני התקיפה ולהעביר את הציוד למקומות אחרים. בישראל גם סבורים כי מערכות ההגנה הסוריות כן הצליחו ליירט מספר טילים כפי שאירע גם בעת התקיפה המיוחסת לישראל בשדה התעופה הסורי בשבוע שעבר.
על פי גורמי הביטחון, כפי שהובאו ב'ידיעות אחרונות', החשש הוא שאיראן, שמתקניה הותקפו בשדה התעופה ליד דמשק, תנסה לנקום בישראל על הפעולה אם כי עדיין לא ברור באיזו דרך. בישראל הבהירו בצורה הברורה ביותר, ראש הממשלה ושר הביטחון כי לא יאפשרו לאיראן להתבסס בסוריה ולהפעיל משם טרור כנגד ישראל ובאיראן חוששים כי ישראל תממש את איומה ותביא להפלתו של אסד במקרה כזה.
ייתכן וזו גם הסיבה לכך שישראל פרסמה אמש כי המל"ט האיראני שהופל על ידי מסוק קרב בגבול ישראל סוריה לפני כחודשיים נשא עליו חומר נפץ והיה בדרכו לביצוע פיגוע קשה. בישראל טוענים כי מניתוח מסלול התעופה ומחקר מבצעי ומודיעיני שבוצע על חלקי המטוס האיראני ללא טייס, עולה כי כלי הטיס נשא עליו חומר נפץ וכי מטרתו היתה לבצע פעולת חבלה בשטח ישראל.
"יירוטו של כלי הטיס האיראני ע״י מסוקי קרב סיכל פיגוע וכוונה איראנית לבצע פעולה בשטח מדינת ישראל" נמסר מדובר צה"ל. "יצוין כי הכלי האיראני זוהה במערכות ההגנה והיה במעקב עד ליירוטו ולמעשה לא היווה סכנה בשלבי המעוף בשטח ישראל", נמסר.
בישראל חוששים כי האיראנים יבצעו את הנקמה באמצעות חיזבאללה או בפגיעה בישראלים במקומות אחרים בעולם באמצעות גורמי הטרור בהם הם שולטים. אפשרות נוספת היא ניסיון פגיעת סייבר כפי שכבר ניסו האיראנים בעבר.
על פי גורמי הביטחון, ישראל מודאגת משני דברים: הראשון, יציאה מהירה יותר של האמריקאים מסוריה אחרי התקיפה מתוך תחושה שהם עשו כבר את שלהם, והשני בפן המבצעי ‑ הודעת שר ההגנה הרוסי כי ימכור מערכות הגנה מתקדמות מסוג S-300 לסוריה.
כיום יש בסוריה מערכות כאלה בידי הרוסים והן אינן פועלות נגד מטוסי חיל האוויר בשל התיאום מול מוסקבה. אם אכן יגיעו מערכות כאלה לאסד הן יקשו באופן דרמטי על חופש הפעולה של ישראל. עובדה זו תציב את ישראל בפני דילמה ‑ האם לתקוף אותן מערכות לפני שהן הופכות מבצעיות בסוריה.