שופטי בית המשפט העליון דחו הערב (שלישי) את עתירת ארגוני זכויות האדם על חוקיותו של התיקון השלישי לחוק המסתננים, אולם הורו לבטל את ההוראה לפיה התקופה המרבית להחזקה של מסתננים במרכז השהייה תעמוד על 20 חודשים, זאת בשל חוסר מידתיות.
במקום זאת, הגביל בג"צ את תקופת השהייה המרבית לשנה אחת בלבד. בנוגע לשאר הטענות שהופנו נגד התיקון לחוק קבע בית המשפט כי אין מקום להתערב בהן: "בית המשפט קבע כי בכפוף לפרשנות שהוצגה בפסק הדין להוראות אלה, אין מקום להתערב בהן".
"לאחר שמיעת טענות הצדדים, הוחלט פה-אחד כי בכפוף לפרשנות בפסק הדין, הוראת החוק הקובעת כי ניתן להחזיק מסתננים במשמורת לתקופה של עד שלושה חודשים – חוקתית היא. אשר להוראות החוק המקנות סמכות להורות למסתנן לשהות במרכז שהייה, הוחלט ברוב דעות כי הן צולחות את הביקורת החוקתית, פרט לסעיפים 32ד(א) ו-32כא – הקובעים כי התקופה המרבית להחזקה במרכז השהייה למסתננים היא עשרים חודשים – שדינם בטלות. זאת, בשל כך שתקופה זו אינה מידתית".
הנשיאה מרים נאור כתבה בהחלטתה כי "בפסק-דיני בעניין אדם כתבתי: 'המדינה ניצבת מול מציאות חיים – הכפויה עליה הר כגיגית – עמה עליה להתמודד. התמודדות זו מציבה קשיים, שאתגרים בצדם. אתגרים אלה מחייבים פתרונות יצירתיים".
"'יכולה זאת להיות שעתה היפה של המדינה, שבמציאות שנכפתה עליה תשכיל למצוא פתרונות הומניים, פתרונות התואמים לא רק את המשפט הבינלאומי אלא גם את התפישה היהודית'. בין השאר הצעתי שם להפוך את מתקן המשמורת למרכז שהייה פתוח שהשהייה בו רצונית..."
"לא אכחד: לא מרכז השהייה כפי שהוקם לימים ב'חולות' עמד מול עיני כאשר כתבתי דברים אלה. כאזרחית, הייתי שמחה לראות את מדינתי-שלי עם יותר חמלה, גם כלפי מי שחשוד בכך שהסתנן לישראל לשבור שבר. עם זאת, כשם שאין אנו בוחנים את תבונת החוק כך אין אנו שמים עצמנו במקום המחוקק... אקדים ואומר: לאחר בחינת הוראותיו של פרק ד' בחוק מסקנתי היא כי למעט פרק הזמן המרבי לשהייה במרכז, צולח פרק ד' – לעתים בקושי – את מבחני פסקת ההגבלה".
ב-2013 פסל בג"ץ תיקון לחוק שנועד לאפשר כליאה לשלוש שנים של מסתננים. שנה לאחר מכן פסל בית המשפט תיקון נוסף לחוק שביקש לאפשר לכלוא לשנה מסתננים חדשים מגבול מצרים. בדצמבר 2014 חוקקה הכנסת תיקון נוסף לחוק שיאפשר כליאת מסתננים השוהים בארץ ל-20 חודשים, וכליאה לשלושה חודשים של מסתננים חדשים.