הפילוג הליטאי משפיע לא רק על המאבקים הפנימיים בכוללי האברכים, אלא גם על ההרשמה ללימודים בישיבות הקטנות והגדולות. עסקני הגוף המכנה את עצמו "הוועד למען כבוד רבותינו" ומזוהה עם השקפתם של מרנן גדולי הדור הגראי"ל שטיינמן והגר"ח קנייבסקי, מזהירים את הורי הבחורים שלא לרשום את ילדיהם לישיבות ומוסדות לימוד המחנכים שלא לציית לגראי"ל והגר"ח.
בתקופה האחרונה, פרסם הוועד אזהרה כנגד ישיבת "אהבת תורה" בעיר מודיעין עילית בראשותו של הגאון רבי יעקב מאיר פלדמן, בטענה כי חלק מהצוות החינוכי בישיבה פועל כנגד סמכותם של גדולי ישראל, ואינו נשמע למרותם.
הורים רבים הנמנים על הזרם המרכזי בציבור הליטאי, נשמעו ברצינות לאזהרות הוועד וחששו לשלוח את ילדיהם. אלא, שכעת מתברר כי גם ראשי ישיבות מפורסמים המזוהים לחלוטין עם השקפתו של מרן ראש הישיבה הגראי"ל שטיינמן, חולקים על אזהרות הוועד וקובעים באופן נחרץ כי הישיבה בראשותו של הרב פלדמן הינה מעולה ביותר וניתן לשלוח לשם את התלמידים.
מבדיקה שערך אחד ההורים שהתלבט בנידון ופנה בשאלה אל ראש ישיבת "יד אהרן" הגאון רבי יהושע אייכנשטיין, המשמש גם כחבר הועדה הרוחנית של "יתד נאמן" ונאמנו המובהק של מרן הגראי"ל שטיינמן, המליץ הרב אייכנשטיין על ישיבת אהבת תורה. וגינה בתוקף את המכתב שנשלח להורים נגד הישיבה. במהלך מוצאי השבת האחרונה, הגיע הגאון רבי דב יפה החבר במועצת גדולי התורה של דגל התורה לביקור בהיכל הישיבה וחיזק את ראשיה וכן את הורי התלמידים.
כיכר השבת מגיש את התמליל המלא של השיחה בין האב והרב אייכנשטיין:
הגר"י: הלו?
השואל: מדבר... ניסיתי להכנס לראש ישיבה והרבנית אמרה שהראש ישיבה לא בבית, והיא הביאה לי את המספר
הגר"י: כן
השואל: יש לי בן עכשיו והסתפקתי, היה לי צד לשלוח אותו לישיבה של הרב פלדמן שרבי דב יפה ממליץ עליה, והבנתי שגם הראש ישיבה מכיר קצת את הישיבה הזו?
הגר"י: אני מכיר טוב את הישיבה הזאת - ישיבה טובה אנחנו מקבלים כל שנה 2-3 בחורים מהם, ואנחנו מאוד מרוצים ישיבה טובה מאוד ואין שום בעיה שם.
השואל: חשבתי בגלל שקבלתי איזה מכתב.
הגר"י: הכל לא נכון זה בפירוש לא נכון, לא מחנכים נגד גדולי ישראל. בפירוש לא נכון.
השואל: למה הועד כותבים? הרי בדרך כלל..
הגר"י: זה כל מיני פוליטיקות וכל מיני זה... אבל זה בפירוש לא נכון.
השואל: הועד הזה לא נאמנים?
הגר"י: יש כל מיני אנשים שעושים כל מיני דברים לא נכונים זה לא נכון. הישיבה הזו לא נגד גדולי ישראל. אין מילה אחת נגד גדולי ישראל.
השואל: בדרך כלל הוועד יודעים?
הגר"י: אני יודע מבפנים שזה לא נכון
השואל: הראש ישיבה יעדכן את הוועד הזה?
הגר"י: אני אשתדל לעשות משהו בזה אבל זה לא נכון. אפשר לשלוח בשקט,
כל טוב.