יומיים לאחר שנעצרו ונחקרו כמה בכירים במועצה הדתית חקירה בסיומה שוחררו החשודים בתנאים מגבילים, גורם במועצה הדתית ירושלים, מאשים בשיחה עם "כיכר השבת" את רבה של ירושלים הרב אריה שטרן, וטוען כי הוא עצמו או מישהו בסביבתו עומד מאחורי החקירה.
בשיחה עם "כיכר השבת" אומר הגורם כי אין כל בסיס לחשדות נגד אנשי המועצה וכי הוא סומך על רשויות החוק שיגיעו למסקנה זו וינקו אותם. לדבריו, החקירה נפתחה בעקבות סכסוך פוליטי מול הרב אריה שטרן: "אין לי כל ספק שהרב שטרן או מישהו בסביבתו עומד מאחורי החקירה". יצוין, כי גורמים בסביבתו של הרב שטרן מכחישים את הטענה ואומרים כי לרב אין כל קשר לחקירה.
הגורם טוען כי בשנה וחצי האחרונות מאז נכנס הרב שטרן לתפקידו כרב הראשי וכאחראי על מערך הכשרות של רבנות ירושלים, התגלעו סכסוכים רבים בינו לבין עובדי מערך הכשרות בתחומים שונים. לטענתו, "הרב שטרן לא מבין שום דבר בכשרות", מה שגרם לעימותים הקשים במועצה הדתית, כדבריו.
לטענתו של הגורם: "משגיחי כשרות שמצטרפים לסיוריו של הרב שטרן בירושלים, מספרים כי הוא מעורר בעיות רבות מול בעלי העסקים, בין היתר כשהוא שואל שאלות לא ברורות המצביעות על חוסר בהבנת השטח".
הגורם טוען כי בידו הוכחות למעשי שחיתות לכאורה שביצעו מקורביו של הרב שטרן אולם לא הרחיב לגביהם. לדבריו, החומרים נמצאים בידי רשויות החוק ולא ברור לו אם הם אכן נחקרים ברצינות.
יצוין, כי בעקבות החקירה שנפתחה במשטרת ישראל הוזמנו חלק מעובדי המועצה, לשימוע לפני השעייה מעבודתם, זאת על ידי נציבות שירות המדינה.
הסכסוך בין הרב שטרן לבכירי המועצה הדתית האחראיים על הכשרות בירושלים, החל לאחר כניסתו של הרב שטען כי המועצה הדתית נגועה בשחיתות. הסכסוך הפך עם הזמן למלחמה של ממש בין הרב הראשי האשכנזי לבין יו"ר המועצה הדתית יהושע ישי.
במהלך הסכסוך בין הצדדים ניסה יו"ר המועצה הדתית לפטר את ראש לשכתו של הרב שטרן, אבינועם קוטשר, הנחשב לאיש אמונו. קוטשר אף זומן לשימוע לפני פיטורין לאחר שנטען כי תקף עובד, איים והדליף לתקשורת האשמות נגד מערך הכשרות בירושלים. בהמשך, נלחם הרב שטרן בכוונה לפטר את עוזרו וטען כי מדובר ברדיפה על רקע חשיפת שחיתויות. בהמשך הצטרף מבקר המדינה לדרישתו של הרב שטרן ומנע את פיטוריו של קוטשר.
בעבר נחשף ב"כיכר השבת" כי הרב שטרן אף ביצע סריקה לגילוי האזנות סתר במשרדו כשעוזריו טענו כי תכנים של שיחות פנימיות דלפו החוצה ושיבשו את עבודתם או הועברו לתקשורת.