ארבעה ימים אחרי הפיגוע הקשה, ותחקיר, אותו מפרסם הבוקר (רביעי) דורון קדוש בתכנית 'בוקר טוב ישראל' עם אפי טריגר בגל"צ, מעלה תמונה עגומה לצד שאלות ותהיות קשות על התנהלות הכוחות בשטח, הן בזמן הפיגוע והן בזמני השגרה.
מהתחקיר עולה כי בשעה 07:00 בבוקר, עת חדר המחבל מוחמד איברהים סאלח את גדר המערכת וחצה לתוך שטח ישראל, הופעלה התרעה על חדירה, אולם אף כוח לא הוזעק למקום... גם התצפיתניות התמקדו במשך 20 דקות באזורים אחרים הנחשבים ל'מסוכנים' יותר.
גם לאחר שהמחבל זוהה על ידי רחפן שהועלה לאוויר בעקבות גילוי גופות החיילים בעמדת השמירה על קו הגבול, מפקד החטיבה לא היה עם הכוח הראשוני עמו נמנה אוהד דהן הי"ד שנהרג בחילופי האש הראשוניים. רק לאחר מותו הגיע לזירה המח"ט.
מהתחקיר עולה, כי בניגוד להודעות שיצאו לאחר הפיגוע, לפיהן המחבל שירה באוהד דבן הי"ד לא זוהה כחמוש - מתבררות כשקריות. מ"כית בגדוד זיהתה בפירוש כי המחבל חמוש בנשק ארוך.
גם הודעות הראשוניות של צה"ל, על כך שאיוש משמרות לאורך 12 שעות רצופות נעשה רק בסופי שבוע, מתברר בתחקיר צה"ל כלא מדויקות וכי לאורך השנים התקבלו תלונות רבות של חיילים שהוצבו בעמדות השמירה למשמרות ארוכות מאוד.
נהלי השמירה בצה"ל, מחייבים יצירת קשר פיקודי עם חיילים המוצבים בעמדות השמירה בזמן קבוע. בפועל - הנוהל הזה מקוים רק פעמיים או 3 בכל לילה. גם בלילה בו רצחו החיילים, לא קויים הנוהל כהלכתו.
דובר צה"ל תא"ל דניאל הגרי התייחס לפרסום בשידור ומסר כי הפרטים שפורסמו חלקיים ולא מספקים תמונה שלמה של האירוע. הוא ציין כי התחקיר המלא, שצה"ל מקיים יושלם בקרוב ויוצג לציבור במלואו. דובר צה"ל הודה כי במשמרות של 12 השעות בגזרה נעשו חריגות מהנהלים הצבאיים, והדבר יצטרך להיבחן. תא"ל הגרי אישר גם את הפרסום בגלי צה"ל, כי העמדות בגזרת האירוע לא מאוישות בשלב זה, וכעת בוחנים מחדש את שיטת האבטחה מול הגבול.
תגובת צה"ל הרשמית לתחקיר: ״צה״ל מצוי בעיצומו של תחקיר יסודי ומעמיק, אשר יסתיים תוך ימים ספורים, ויוצג קודם כל למשפחות דהן, אילוז ובן נון, ולאחר מכן יפורסם לציבור באמצעות התקשורת. הפרטים שפורסמו משקפים תמונה חלקית מהאירוע המבצעי, במהלכו חתרו למגע המפקדים והלוחמים ומנעו פגיעה באזרחים נוספים. צה״ל מבקש לכבד את המשפחות השכולות, ולהמתין עד שהתחקיר המבצעי יושלם״.