רוב מוחלט של הציבור החרדי נשמע להוראות מרנן ורבנן גדולי ישראל בדבר החובה להישמע להנחיות משרד הבריאות, כולל האיסור לתפילה במניין. אך עדיין, מידי יום אנו שומעים על פשיטות משטרתיות על בתי כנסת מחתרתיים.
בחלק גדול מהמקרים, במניינים אלו, מדובר על מתפללים המשתייכים ל'פלג הירושלמי', כאשר מתברר כי ההנהגה הרבנית של הפלג חלוקה בדעתה כיצד יש לנהוג.
בתגובה למכתבו של הגאון רבי אשר דויטש הבוקר, בו הוא מורה כי יש להתפלל במניין, יוצא אחיו, הגאון רבי ברוך שמואל דויטש במכתב תגובה חריף עם איסור להתפלל בציבור.
הרב אשר דויטש כתב הבוקר כי "חובה גמורה לנקוט בכל דרכי ההשתדלות מפני ההידבקות במחלה המהלכת, וכאו"א יעשה כל שבידו ובכל כוחו שלא יוזק ולא יזיק, וכפי הוראות הרופאים בענין זה. אמנם רבים נבוכים מכיוון שחוץ מהדברים המחוייבים ע"פ האמת ודרכי הרפואה, עוד נתערבו בזה כל מיני החלטות של השלטון לבטל תורה ותפילה ברבים ללא כל הצדקה גם כאשר שומרים על כל מה שמתחייב מעצת הרופאים, עד אשר עשו בחוקיהם "איסור בעצם" על זה, ויש שאף מסייעים בידם במסירות ורדיפות - אוי לנו שראינו בכך שיורדין עד לתהום. ובפרט עכשיו בעת צרה כאשר כלל ישראל זקוק במיוחד לזכויות התורה והתפילה, והן ק-ל כביר לא ימאס תפילת רבים".
ולכן קרא להתפלל במניין אך "להעמיד בכל מקום תפילה שומרים אחראים בני תורה ויראי ד' מאנשי המקום, שיהיו שליחי הרבנים לשמור ולהקפיד שכל הנמצאים שם שומרים בדקדוק כל הוראות הרופאים הנ"ל. וגם יש להקפיד שלא ישהו אחר התפילה כלל וכלל בשיחה בעלמא".
אך כאמור, אחיו הגרב"ש דויטש, פרסם מכתב תגובה בכתב ידו: "התבקשתי ונדרשתי ע"י גדולי הרבנים ועסקני הציבור וגדולי הרופאים, וראשי מערכת הבריאות, לפרסם שוב את השיחה הזאת ואשר בה כבר נאמר כי חייבים לשמוע לכל הוראות הממונים על בריאות הציבור, וכפי ששמעתי בעצמי מפי רבני ודייני חוץ לארץ כי חובת השעה היא שלא לצאת מן הבית גם לא לתפילה בביהכ"ס בציבור".
"המצווה עכשיו היא ונשמרתם, וכידוע בשם הגרי"ס זצ"ל כי זו היא המצווה היחידה של המסוכנים, ודוקא אז בא היצה"ר עם נסיונות מרובים גם של מצוות שבעת הזאת פטורים מהם. וכל מי שנחלה או גורם תקלה לאחרים עתיד ליתן את הדין ועובר על אשר אסרת התרתי".
לסיום התייחס הרב לפילוג בתוך הנהגת הפלג וחתם עם המשפט: "הכותב בצער על הפירוד הנגרם גם בשעה כזו בין ראשי הציבור וכו'".
בשיחה שפרסם שוב הרב ברוך שמואל דויטש, הוא אמר כי "רבי ישראל סלנטר אמר שהמצווה היחידה שמוטלת על אדם חולה שיש בו סכנה זה ו"נשמרתם מאוד לנפשותיכם" זה המצווה של עכשיו, מה עושה היצה"ר אז הוא פתאום משכנע אותו שיש עוד מצוה ועוד מצווה רק אל תקיים את המצווה הזאת של ו"נשמרתם מאוד לנפשותיכם".
"ידוע שר' ישראל כשהיה את מגפת ה"כולרה" אז הוא הלך לפני כל הציבור באמצע יום כיפור ועשה קידוש כדי שכולם ילכו לאכול כי הוא חשש שיש אנשים שלא יאכלו. ולכן אני מורה ומבקש לא לעשות שום חוכמות! ולא פתאום להשתמש במילים של סגירת בתי כנסיות! לא סגרו את בית הכנסת ביקשו ודרשו מכולם תלכו ותתפללו בבית ותלמדו בבית וגם שם אפשר לעשות גם מצוות וגם תפילות וחייבים לקיים את זה".