רבי שלמה אפרים נולד כנראה בעיירה לנצ'יצה (לאנטשיץ) בפולין בסביבות שנת ה'ש"י (1550). אביו היה הגאון רבי אהרן זצ"ל..
בנעוריו, למד רבי שלמה אפרים בישיבת המהרש"ל בלובלין, בילדותו הוא שהה ביערשלאב והרביץ שם תורה ויראה. בשלב זה בחייו עבר משם ללבוב והיה מן הדרשנים המפורסמים בדורו. עוד בהיותו ביערשלאב, חיבר את ספרו "עיר גיבורים". ספר זה מכיל דרשות על התורה ונושאי מוסר.
כבר משנותיו הראשונות, כפי שמעיד על עצמו בהקדמת ספרו "שפתי דעת", היו עיניו ולבו על דרכי בני עמו. הוא פעל "לפרסם על החנפים", לעיתים בכתב ולעיתים בעל פה, בבתי כנסיות בפולין, במיוחד בלובלין שהיוותה מרכז תורני חשוב.
בשנת ה'שמ"ו (1586), נמנה רבי שלמה אפרים בין "גאוני ועד די ארצות". הוא היה חתום על החלטות הוועד, כולל איסור שהוטל על רכישת רבנות בכסף במסגרת "ועד געמניץ".
בשנת ה'שנ"ו (1596), בעת כהונתו ברבנות העיר לובלין, הדפיס לראשונה את ספרו המפורסם "עוללות אפרים". ספר זה, המכיל דרשות על מועדי השנה ואירועים משמחים, נדפס שוב עם הרחבות רבות בסמוך לפטירתו בשנת ה'שע"ט, והוא הספר שעל שמו התפרסם.
בשנת ה'שס"א (1601). קודם ימי הפורים של שנה זו, נפל רבי אפרים למשכב בחולי מסוכן שנמשך כמה שבועות. כפי שסיפר בהקדמתו לספר "כלי יקר", בעקבות מחלה זו הוסיפו לו את השם "שלמה". בחמלתו של ה', יצא מן המחלה לחיים טובים, ונדר לחבר את "כלי יקר" לכבוד ה' ותורתו, ולגלות מצפוניה, כהודיה על רפואתו. הספר "כלי יקר", שהוא המוכר ביותר מבין חיבוריו, הינו פירוש על התורה, שנכתב בלובלין והודפס בשנת ה'שס"ב (1602).
לאחר תקופתו בלובלין, כיהן רבי שלמה אפרים בעיר לבוב. בשנת ה'שס"ד (1604), נקרא לעיר פראג. הזמנה זו הגיעה בחודש אדר של שנת ה'שס"ד. הוא נקרא לכהן בפראג כראש ישיבה ואב בית דין לצד המהר"ל, שהיה כבר מופלג בימיו ומעמדו היה בכיר. בערי הגדולות, כיהנו לרוב מספר גאונים בתפקידים שונים.
רבי שלמה אפרים תיאר את שנותיו בפראג (בהקדמת "שפתי דעת") באומרו "ששה שנים אנכי יושב בתוך עמי עדה הקדושה קייק פראג". הוא מספר שבשלוש השנים הראשונות ("שלש שנים ראשונים") נשא עליו את עול המשפטים, בתפקידיו כראש ישיבה ואב בית דין. לאחר שלוש שנים אלו (כלומר, בסביבות שנת ה'שס"ז), הקלו מעליו את עול המשפטים, ובמקום זאת הוטל עליו עול הדרשות – להיות דורש טוב לעמו מדי שבת בשבתו.
לאחר פטירת המהר"ל באלול שנת ה'שס"ט (1609), מילא רבי שלמה אפרים את מקומו ברבנות פראג. הוא כיהן לבדו בתפקיד זה עד שנת ה'שע"ד (1614). החל משנה זו, שימש לצידו בעל השל"ה הקדוש (רבי ישעיה הורוביץ), שהגיע לפראג לאחר שגורש מפרנקפורט.
סגולה נפלאה איתא בעוללות אפרים (סי' תט"ו), דיכוין כל אדם בעת בכי הילד הנימול מיסורי המילה, שיכלול בזה גם תפילתו, כי קול זה של הילד הנימול עולה בלי מונע מכל קליפה, וע"ז נאמר (תהלים ו, ט-י) "כי שמע ה' קול בכיי" כלומר, שומע ה' בכי הילד הנימול, ואז היא עת רצון - "שמע ה' תחנתי ה' תפלתי יקח" והיא עצה נפלאה.
רבי שלמה אפרים מלונטשיץ זצ"ל נתבקש לישיבה של מעלה זקן ושבע ימים בז' באייר שנת ה'שע"ט. הוא נפטר בערך בגיל 69. מקום קבורתו בבית הקברות היהודי הישן בפראג, סמוך למקום קבורתו של המהר"ל.