כתב במשנה ברורה, שמנהג לומר לאחר הספירה "יהי רצון שייבנה בית המקדש וכו'", ויש שנוהגים גם לומר את המזמור "אלוקים יחוננו". ובשו"ע הרב (סעיף י"א) כתב שנהגו אף לומר "אנא בכח" ו"ריבונו של עולם אתה צויתנו וכו'". ובערוך השולחן כתב: "ורבים וגדולים התרעמו על אמירת דברים אלו, שהם דברים העומדים ברומו של עולם ואין הפרסום ראוי לזה, אבל עכשיו כבר רגילים לאמרם בהמון ובהתפעלות הנפש."
ונוהגים לומר לפני הספירה את נוסח "לשם ייחוד וכו' הנני מוכן ומזומן וכו'", וכתב במשמרת שלום (סימן ל"ו סק"ב) שכאשר הגיע למניין השבועות היה מוסיף בסוף נוסח "לשם ייחוד": "והנני מוכן ומזומן לספור הימים והשבועות, כמו שאמרו חז"ל 'מצוה למימני יומי, ומצוה למימני שבועי'."
ויש שכתבו שאין נכון לומר "לקיים מצוות עשה של ספירת העומר", מאחר שלדעת רוב הפוסקים בזמננו ספירת העומר היא מדרבנן, ויש בכך חשש "בל תוסיף" כאשר מתכוון לקיימה כדאורייתא (כמבואר ברמב"ם פ"ב מהל' ממרים ה"ט).
ובספר אמרי סופר (ח"ב פ"ד הערה ג') הביא עדות מתלמיד הגר"א זי"ע, שנהג להשמיט את המילים "מצוות עשה" וכן את נוסח "ככתוב בתורה", באומרו שאין בכך קפידא, כיון שדרבנן אסמכוהו אקרא.
ועוד, שטמון בזה לכאורה סתירה לנוסח התפילה שלאחר הספירה: "הרחמן הוא יחזיר לנו עבודת בית המקדש" וכו', שמשמעותה היא שע"י בניין בית המקדש תחזור מצוות הספירה להיות מן התורה, ואם כן לפי שעה – אין היא אלא מדרבנן. לפיכך, יש שמעדיפים לומר: "הנני מוכן ומזומן לקיים מצוות ספירת העומר" בלא להזכיר "עשה".
מאידך, יש שיישבו את המנהג לומר "מצוות עשה", על יסוד האמונה והתשוקה לביאת המשיח בכל יום, ומהרה ייבנה בית המקדש ונזכה לכך עוד קודם חג השבועות, ונקריב את שתי הלחם – ואז תתגלה למפרע שכל ספירתנו היתה דאורייתא. וכן בספר הליכות שלמה (פרק י"א אות ב') כתב שלשון "מצוות עשה" ניתן לפרשה גם על מצוות עשה דרבנן.
ובעניין מה שנוהגים לומר בנוסח "לשם ייחוד" את הפסוקים "ככתוב בתורה וספרתם לכם... שבע שבתות תמימות תהיינה... תספרו חמישים יום", יש אומרים שביום האחרון של הספירה אין לומר פסוקים אלו, מחשש שמא יחשב הדבר כהזכרת הספירה לפני הברכה. (אומנם יש לעיין שאת המספר חמישים הרי אין מזכרים בספריה של היום האחרון, וצ"ע) אמנם המנהג הרווח שאין לחשוש לכך, ואומרים פסוקים אלו אף ביום האחרון – "והנח להם לישראל."