נושא עבודות הרכבת בשבת מעורר תגובות רבות, ראש הממשלה בנימין נתניהו התערב בעצמו בנושא והחליט על הקמת וועדה בנושא אך מסתבר שנתניהו התנגד נחרצות לצירופו של הרב הראשי, הגאון הרב דוד לאו לוועדה.
במהלך ישיבת הוועדה שצפויה לקום בעניין עבודות תחזוקה עתידיות ברכבת בשבת, בה גם אמור להיות נציג לרבנות הראשית, התבטא נתניהו בכעס, "זה לא יהיה", תוך שהוא מתייחס לאפשרות שהרב לאו עצמו יהיה חבר באותה ועדה. "לא מקובל עלי הדבר הזה שהוא עשה פריימריז על הגב שלי"., כך על פי הדיווח של זאב קם ב"מקור ראשון" שאושר גם ממקורות נוספים בסביבת ראש הממשלה.
על פי הדיווח כל הנוכחים בחדר היו בהלם. גפני עוד ניסה להרגיע מעט את האווירה. "אצל החרדים אין פריימריז", הגיב בחיוך. "אתה יודע בדיוק למה אני מתכוון", הגיב נתניהו בזעם. "הוא עושה עלי סיבוב פוליטי".
נתניהו הוסיף כי מבחינתו הרב לאו לא יהיה חבר בוועדה הזו, או בוועדה אחרת לצורך העניין, עד שלא יתנהל בצורה ראויה.
הערכה היא כי הכעס של נתניהו נובע מכך שאביו של הרב הראשי, רבה של תל אביב, הרב ישראל לאו, התראיין במהלך השבוע האחרון וטען שהשימוש במונח "פיקוח נפש" כדי להצדיק עבודות בשבת נעשה בצורה לקויה ומבלי לבדוק את הזווית ההלכתית של הנושא. בנוסף, על פי ההערכות כועס נתניהו על התערבות הרב לאו בעניין מתווה הכותל הרפורמי.
דוברו של הרב הראשי, פנחס טננבאום, מסר בתגובה: "בין ראש הממשלה לבין הרב לאו קיים קשר הדוק, מכובד ומכבד, ואף אמש שלח ראש הממשלה את ראש לשכתו לעדכן באופן אישי את הרב הראשי על פעילות הוועדה שהוקמה וביקש ממנו לפעול לתיאום לקראת בעיות עתידיות, כדי למנוע אותן מראש".