נשיא מועצת חכמי התורה, ראש הישיבה הגאון חכם שלום כהן, התייחס הלילה (ראשון) להסתלקותו של הראשון לציון הגאון רבי אליהו בקשי דורון זצ"ל: "היה בעל יסורים כל חייו".
הגר"ש כהן קיבל בצער גדול את הבשורה המרה על פטירתו של הראששון לציון ואמר: "היה בעל יסורים כל חייו. זו אבידה גדולה לדור כולו".
נשיא בית הדין הגדול, הרב הראשי הגאון רבי דוד לאו, ספד: "יחד עם כל בית ישראל מתעטף באבל בערב הקשה הזה עם הסתלקותו לגנזי מרומים של הראשון לציון, הרב הראשי לישראל ונשיא בית הדין הגדול הגאון הגדול רבי אליהו בקשי דורון זצ"ל ששימש בין היתר כרב בערים בת ים וחיפה.
"הגר"א בקשי דורון כיהן כנשיא בית הדין הגדול ועמד בראשות מוסדות תורה רבים בהם צמחו תלמידי חכמים מופלגים. עמד לימין רבני ודייני ישראל בעצה ותושיה. הסתלקותו הערב מותירה חלל גדול בעולם היהודי.
"נמשיך עם כל בית ישראל להעתיר בתפילה לבורא עולם שישלח רפואה שלמה לכל החולים ויסיר מאיתנו את המגיפה הקשה הזו".
בהודעה מטעם מועצת חכמי התורה נכתב: "המנוח זצוק"ל קנה את חוק לימודו בישיבות הקדושות וכיהן עשרות שנים כרבם של הערים בת ים וחיפה, שם הקים עולה של תורה וחולל בהן מהפכה תורנית עצומה. בקיאותו הגדולה במכמני התורה יחד עם מסירותו לכלל הביאה את מרן רבנו עובדיה יוסף זצוק"ל לתמוך בו למשרת הראשון לציון והרב הראשי לישראל.
"במשך שנות כהונתו האדיר את מעמד הרבנות בישראל והביא את דבר ה׳ זו הלכה לכלל הציבור ופעל להאהיב שם שמיים על הבריות.
"העמיד תלמידים הרבה בישיבות 'בנין אב' ו'דבי אליהו' ובת"תים שהוקמו על ידו. חיבוריו התורניים העמוקים כמו שו״ת בניין אב ששה כרכים בהלכה ובאגדה זכו למקום של כבוד בכותל המזרח התורני.
"זכה לראות דור ישרים מבורך, צאצאים יראי ה׳ הממשיכים דרכו ברבנות ובהרבצת התורה, וכן נינים ובני נינים כ״י. מועצת חכמי התורה ותנועת ש"ס אבלים יחד עם כל בית ישראל על האבדן הגדול לעולם התורה והרבנות, וכל בית ישראל יבכו את השריפה אשר שרף ה'".