סוגיה תורנית מעניינת ומרתקת במיוחד שקשורה לסופרים ר' אהרן מרקוס ור' משה שנפלד היא 'מְגִלַּת קֹהֶלֶת', המלחמה באפיקורסים בשאלה מי כתב את קהלת והטענה ששלמה המלך כתבה ב"מצרית" (היסטוריה)
במכתב ברכה שכתב שי"ר לספר "שני המאורות" הוא תקף שוב את מתנגדי הרמב"ם שקמו כספיחים שוטים, ולדבריו מתנגדי הרמב"ם מתחלקים לשלושה סוגים; ומי הכת הארורה מכולם? (היסטוריה)
במהלך הפולמוס הפנים משכילי בין רבה של פראג שי"ר למשכיל האיטלקי שד"ל המחוצף, שיצא נגד רבנו הנשר הגדול הרמב"ם - שד"ל ההדיר אגרת על שריפת ספרי הרמב"ם ושי"ר עקץ אותו (היסטוריה)
לאחר שהחציף פניו נגד רבנו הנשר הגדול הרמב"ם, פרץ לו פולמוס פנים משכילי בין רבה של פראג שי"ר (חתנו של 'קצות החושן'), למשכיל האיטלקי שד"ל המחוצף (היסטוריה)
המשכיל האיטלקי שד"ל החציף פניו ויצא כנגד רבנו הרמב"ם, מה רבה היתה ההפתעה כשדווקא המשכילים דאז זעמו ויצאו נגדו וזאת מאחר וראו בדמותו הפילוסופית של הרמב"ם, כראיה לדרכיהם הנלוזות (היסטוריה)