ממלא-מקום היועץ המשפטי לממשלה, רז נזרי,קיבל את המלצת המשנה לפרקליט המדינה (תפקידים מיוחדים), נורית ליטמן, והמשנה ליועץ המשפטי לממשלה (משפט פלילי), עמית מררי, והחליט להורות על פתיחה בחקירה פלילית נגד יונתן פולק, בחשד לעבירות של הסתה לאלימות והסתה לטרור.
פולק, פרסם מאמרים בעיתון 'הארץ' תחת הכותרת "שוב אני הולך לכלא" או "מדוע אני מסרב לשתף פעולה עם בית המשפט".
במאמר כתב פולק, בין היתר: "כן, עלינו לחצות את הקווים ולהפר את החוק. למרות המחיר, עלינו להצטרף אל ילדי האבנים ובקבוקי התבערה. עלינו לצעוד בעקבותיהם".
למרות החקירה נגד כותב המאמר, החליט עו"ד נזרי כי בנסיבות העניין ובהתאם למדיניות בנושא, אין מקום לפתיחה בחקירה נגד עיתון "הארץ" או נושאי משרה בו.
בנוסף, המשטרה התבקשה לבדוק במסגרת החקירה גם את פעילותו של פולק בנוגע להפרות סדר סביב גדר ההפרדה.
בתיעודים של ארגון 'עד כאן' נראה פולק נוטל חלק בהתפרעויות, ותועד פעמים רבות כשהוא מבעיר צמיגים, הולך בראש המפגינים הפלסטינים ועומד בלב האירועים.
כך לדוגמה, לפני מספר שבועות תיעדו צלמים של 'עד כאן' את פולק כשהוא שותף בהתפרעות שנערכה בכפר קדום, כאשר הוא מסייע בהבערת הצמיגים ותועד עומד בין רעולי פנים ומיידי אבנים. באירוע זה נפגעו מספר חיילי צה"ל מהאבנים, אותן השליכו המתפרעים.
הצגת כל התגובות