במהלך מסע הלוויית זקן הראשונים לציון, הגאון רבי אליהו בקשי דורון זצ"ל, ספד לו הראשון לציון הגאון רבי יצחק יוסף שזעק בבכי: "יעמוד לפני כסא הכבוד שיחוס וירחם עלינו, שהמגפה תעצור".
מתוך הספדו של הראש"ל הגר"י יוסף:
"יהי רצון שיעמוד בתפילה על כל בני משפחתו היקרים, על כל עם ישראל, יעמוד לפני כסא הכבוד שיחוס וירחם עלינו, שהקב"ה יאמר די לצורתנו ויעצור את המגפה מעל עמו ישראל, אבינו מלכנו מנע מגפה מנחלתך.
"יעמוד לפני כסא הכבוד ויתחנן עלינו על מה שגלינו מבתי הכנסיות ומבתי המדרשות שנוכל לחזור להתפלל בבתי הכנסיות, בישיבות הקדושות, יהי רצון שיבולע המוות לנצח ומחה ה' אלוקים דמעה מעל כל-פנים ונזכה בתחיית המתים, גאולה שלמה, במהרה בימינו אמן ואמן".
במהלך הספדו הוסיף: "אוי לו לעולם שאיבד מנהיגו, אויה לה לספינה שאבד קברניטה. אנחנו נמצאים עכשיו בחג, אבל חכם גדול כזה בפניו - בוודאי יקרא ה' להספד. בכל השנים שכיהן בתפקידיו - היה מזכה את הרבים, הלך ממקום למקום להפיץ תורה. בכל מקום שהגיע הקים עולה של תורה. כשהיה בחיפה, הקים את הכולל הגדול, הכשיר רבנים ודיינים.
"הוא המשיך את השושלת המפוארת של הראשונים לציון לדורותיהם. זכינו להכיר אותו עוד כשכיהן בישיבת 'פורת יוסף' קטמון. ספריו הרבים, בניין אב, רואים איך הוא שילב את השיטה הליטאית מ'חברון' ושיטת ההלכה כפי שלמד ממרן האבא זצוק"ל.
"הרבנות הראשית חייבת לרב בקשי את תקומתה המחודשת בשנים האחרונות. למדו ממנו ענווה מהי. המנוח היה מקורב למרן האבא. כשהיה בחור צעיר - שלח מכתב למרן האבא בכדי לדעת היכן ללמוד. מרן שלח לו מכתב ועודד אותו בישיבת 'חברון', לאחר נישואיו התגורר בשכנות איתנו ברחוב חנה. היה מגיע בערב ללמוד עם האבא וכך למד ממנו את דרך הפסיקה.
"זכורני שמרן האבא קרא לו וביקש שידפיס את כל הפסקים לספר, מרן האבא לחץ אותו. זיכה את הדור. מי יתן לנו חליפתו, מי יתן לנו תמורתו. חייבים ללמוד מדרכיו, בענווה, ביראת שמיים ובהתמדה".