אחד הנושאים הרגישים בממשלת בנט-לפיד יהיה הבנייה ביהודה ושומרון. על אף המתווה מרחיק הלכת שקיבלו תושבי המאחז אביתר, שיוכלו לשוב אליו בעתיד אם יאושר שמדובר באדמות מדינה, בקרב המתיישבים ישנו חשש בשל זהות הממשלה, בה חברות גם העבודה ומרצ.
הבוקר (ראשון) פורסם ב'ישראל היום', כי שרת הפנים איילת שקד הבהירה בפגישה עם ראשי מועצת יש"ע כי במו"מ הקואליציוני סוכם עם שר הביטחון, יו"ר כחול לבן בני גנץ, כי הסטטוס קוו שהיה בממשלה הקודמת בנושא התכנון והבנייה ביו"ש ישמר, כך שמועצת התכנון העליונה במנהל האזרחי תתכנס בכל שלושה חודשים.
אלא ששר הביטחון בני גנץ לא אהב את הפרסום, ושלח את לשכתו לפרסם הכחשה גורפת, בה כלל עקיצה לשרת הפנים הטרייה: "לא היו דברים מעולם. במו"מ הקואליציוני לא היה כל סיכום בנושא. כל נושא ההתיישבות ימשיך להיות מנוהל בתוך מערכת הביטחון בהובלת שר הביטחון. אנו ממליצים לכל שר לעסוק בנושאי משרדו".
כזכור, גם לפני השבעת הממשלה התנהל מאבק בין השר בני גנץ לשרים זאב אלקין ואיילת שקד באשר להסכמות על הטיפול בסוגיית הבנייה הפלסטינית הבלתי חוקית בשטחי C, אך בתומו גנץ ניצח.
תנועת לוחמים לשלום מסרה בתגובה על הדיווח על הסכמה בין שקד וגנץ באשר לבנייה בהתנחלויות: "אנחנו קוראים לנציגי השמאל בקואליציה לא לתת יד לביזיון. המשך הבנייה בהתנחלויות היא המשך הכשרת הכיבוש והעמקתו. הדבר לא רק פגום מוסרית, אלא גם מנוגד לכל הבטחה שנתתם ולבסיס של כל ההסכם הקואליציוני. אנחנו מפצירים בכם לעמוד כחומה בצורה בנושא הזה ולא לאפשר את המשך שיטת הסלמי של הכשרת ההתנחלויות".