השר לשירותי דת יעקב מרגי הממונה כשר על צרכי הדת במדינת ישראל פנה לשר הביטחון אהוד ברק וביקש את התערבותו להמשך בניית בית הכנסת ביישוב מעלה שומרון.
מרגי טען כי, "אין זה מתקבל על הדעת שאזרחים אלו אינם יכולים לקיים סדר חיים נורמאלי ולבנות מבנה ציבורי כמתבקש על מנת שתושבי המקום שהינם בעלי זכויות שוות ככל תושבי ישראל יוכלו לממש את זכותם לבית כנסת בישוב".
ביישוב "מעלה שומרון" הוקם בית כנסת על מנת לספק את צרכי הדת לתושבים, אולם בעקבות עתירת עמותת "יש דין" הוצא צו הפסקת עבודה לבניית בית הכנסת, וזאת למרות שהשכונה בה נבנה בית הכנסת ממוקמת על אדמות שהוקצו ע"י ההסתדרות הציונית העולמית בהסכם מיום 22.6.97, כך שתושבי המקום חיים במקום באופן חוקי ובשליחות המדינה.