בסוף זמן חורף עמדה ישיבת 'כנסת יצחק' סניף קריית ספר לקראת פילוג, ראשי הישיבה נחלקו בשאלת היחס לבחורים המשתייכים לפלג הירושלמי.
מתברר כי בדומה למה שהתרחש בישיבת כנסת יצחק בחדרה, כבר תקופה ארוכה ישנו מתח בין רבני הישיבה.
בעוד ראש הישיבה הגאון רבי יעקב קארפ, הר"מ הרב ולדמן ור"מים נוספים מצדדים במוצהר בעד התייצבות בלשכות הגיוס כדעת מועצות גדולי התורה, הרי שהרב שמעון נוביק (אחיו של רבי טוביה נוביק משגיח הישיבה בחדרה) אינו מתערב בנושא באופן רשמי, אך לטענת חלק מבחורי הישיבה העניק רוח גבית לבחורים המצדדים בגר"ש אוירבך.
בסוף זמן חורף יצאו בחורים מהישיבה להשתתף בהפגנות 'הפלג', חלקם של התלמידים אף לא התייצבו בלשכות הגיוס ומחזיקים בכרטיסים של ארגון "בני עליה" של הפלג הירושלמי.
בישיבה עלו טענות כי הרב נוביק, שהוא גם הבעלים של הישיבה, לא עושה די כנגד הבחורים המצדדים עם הפלג, וכך נוצר מצב שבעוד רבי שמעון נוביק דגל בשיטת "נהרא נהרא ופשטיה" והעלים עין מהתנהגות הבחורים המזוהים עם 'הפלג' הרי שראש הישיבה הגר"י קארפ, שנחשב לדמות הרוחנית המרכזית בישיבה, דגל במהלכים חריפים נגד אותם בחורים ודרש את סילוקם של הפעילים המרכזיים מהישיבה.
ימים ספורים לפני סוף הזמן היה נראה כי הישיבה עומדת לפני פילוג, וראשי הישיבה הרב קארפ והרב ולדמן נועצו עם מרן שר התורה הגר"ח קנייבסקי והגאון רבי גרשון אדלשטיין ראש ישיבת פוניבז' כיצד לנהוג. באותם ימים נדמה היה כי הפיצוץ הינו בלתי נמנע וכי הפילוג קרוב לצאת אל הפועל.
בשלב מסויים במהלך חג הפסח נכנס כבורר הגאון רבי ברוך סולובייצ'יק ר"י תורת זאב וחבר ועדת הרבנים של דגל התורה, שניסה להרגיע את הרוחות ולהשיג הסכם פשרה.
הרב סולובייצ'יק, לצד גורמים בביתו של מרן שר התורה, נכנסו לעובי הקורה ופעלו בנידון כשהמטרה הינה שהרב נוביק ייתן התחייבותו שהישיבה תהיה נאמנה לרוח גדולי הדור וכך ניתן להביא להסדר.
אמש אף הגיע הרב סולובייצ'יק לדיון ממושך בנושא במעונו של הגר"ג אדלשטיין ונראה כעת כי ביממה הקרובה ניתן יהיה לברך על המוגמר כשההסכם צריך לקבל את אישורם הסופי של מרן שר התורה הגר"ח קנייבסקי והגר"ג אדלשטיין.
כעת השאלה הגדולה הינה בבחינה לעתיד, אם ההסכם יחזיק מעמד גם לטווח ארוך והצדדים אכן יעמדו בהתחייבות שלהם לגדולי הדור - או אז יהיה ניתן לדעת שהפילוג בישיבה יירד מן הפרק לתמיד.