ישיבת באר יעקב, הצליחה לצלוח את זמן אלול ללא נדבקים - עד לערב יום הכיפורים, כשהתברר שיש למספר בחורים תסמינים. בשל כך, 120 מבחורי הישיבה נשארו במקום לחגוג את חג הסוכות.
כזכור, הישיבה פתחה את זמן קיץ במתווה הקפסולות - ע"פ כל הכללים, תוך שמירה קפדנית ועמידה בכל דרישות משרד הבריאות. ואכן, היא רשמה אפס חולים והדבקות במתחם הישיבה.
בערב יום כיפור, מסיבה שעדיין לא התבררה, החלו מספר בחורים (כולל ראש הישיבה) לחוש שלא בטוב, וביום כיפור נרשמה עלייה משמעותית ביותר במספר החולים.
במוצאי יום כיפור, כאשר הבחורים תכננו לחזור לביתם, רבני הישיבה החליטו לא ליטול סכנות מיותרות. והורו לבחורים, שלא לשוב לבתים עד שידעו את תמונת המצב המלאה.
אחד מבחורי ה ישיבה, מספר ל'כיכר השבת': "כשהבנו שנשאר בחג בישיבה, נכנסו לדיכאון, לא ראינו את המשפחה יותר מחודש וחצי. אך ברוך ד', צלחנו את זה, והשמחה פרצה גבולות".
יצוין, כי עם הבחורים שהו מספר מרבני הישיבה שכבר החלימו מ'קורונה', ביניהם; המשגיח, הגאון הצדיק רבי אריה שפירא, ור"מ הישיבה, הגאון רבי שמעון שפירא.
