לפני כחודש ר' מרדכי התמוטט בביתו לעיני אישתו והילדים, סיבת הנפילה לא הובהרה, הוא איבד את ההכרה ופונה לבית החולים, בבית החולים הוברר כי כתוצאה מעוצמת הנפילה נהיה לו שטף דם מוחי שבהמשך התפתח לבצקת שפגעה בתאי המוח.
מאז נפילתו של הרב פרידמן הוא לא התעורר וכך במשך שלושה שבועות נאבקו בני המשפחה בין תקווה לייאוש, עד שהמוות הכריע בקרב.
בלוויה קורעת לב הובא הגאון הרב מרדכי פרידמן למנוחת עולמים כאשר היתומים הרכים ממררים בבכי על האב המסור שלעולם לא יחזור אליהם.
במשך 47 שנותיו הוא ישב והגה בלימוד התורה, ועבודת ה', גם את עיסוקו למען פרנסת המשפחה הוא קבע בעריכת ספרים על סוגיות מסובכות בש"ס.
מכריו מעידים על גאונותו העצומה בתורה, מעשי החסד שהתגלגלו תחת ידיו ועל ליבו הרחום.
נטל פרנסת הבית היה מונח על כתפיו בלבד, כאשר אשתו מגדלת את הילדים ומנהלת את הבית. אומנם אף פעם הם לא היו משופעים בכסף ותמיד השתדלו להסתפק במועט, עם השנים גם חובות נישואי הילדים השתרגו על צווארו, אבל תמיד הוא היה שלו ורגוע.
עם פטירתו הותיר אחריו עשרה ילדים כאשר שישה מתוכם טרם נישאו.