קו הרכבת המהיר מתל אביב לירושלים צפוי להיפתח רק באזור סוכות, אם לא נצפה בעיכוב נוסף, אך כבר כבר בעוד חודש יתחילו לשלם את המחיר נוסעי הרכבת בקווים אחרים. על פי הודעת רכבת ישראל בשל הנחיית משרד התחבורה לקראת הפעלת הקו, ובמטרה להקצות רכבות לתפעול הקו המהיר, העומסים ברכבות בכלל ובין חיפה לתל אביב בפרט עומדים להחריף.
על פי הדיווח, הקו המרכזי שיסבול מהמהלך הוא קו באר שבע-נהריה. לקראת השינויים המתקרבים, הקו יתחיל ויסיים את פעולתו כבר בתחנת הרצליה. הנוסעים לצפון יצטרכו להחליף רכבות בתחנות תל אביב כדי להגיע לחיפה או לנהריה. הנוסעים דרומה יחליפו רכבת בהרצליה או שיעלו על הרכבות האחרות שנוסעות ישירות לדרום ויגבירו את העומס עליהן.
ביום שישי ובמוצאי שבת הקו יפעל במתכונתו הנוכחית שכן רבים בעיקר חיילים נוסעים חזרה לבתיהם בזמנים אלו. לטענת הרכבת, הקיצור ישפיע על מעט נוסעים מכיוון שרוב המשתמשים בקו כיום יורדים בתחנות תל אביב.
קו נוסף שיקוצר הוא כרמיאל-באר שבע: בימות השבוע (א'-ה') הקו יתחיל ויסיים את השירות בתחנת חיפה מרכז השמונה ובימי שישי ובמוצ"ש יפעל במתוכנת הנוכחית. הנוסעים מתחנות כרמיאל ואחיהוד שרוצים להגיע דרומית לחיפה, יצטרכו להשתמש ברכבת הפרברית כרמיאל-חיפה חוף הכרמל ויוכלו להחליף רכבת בתחנת חיפה מרכז השמונה. עבור תושבי כרמיאל מדובר בבשורה רעה, מכיוון שהרכבת הישירה למרכז התבטלה והם יצטרכו להשתמש ברכבת פרברית כדי להגיע לחיפה ומשם לקחת רכבת נוספת מה שיאריך להם את הזמן ויפגע בנוחות הנסיעה.
על פי ההערכות, שני השינויים הללו צפויים ליצור עומס רב על הרכבות בין חיפה לתל אביב, שגם כך עמוסות מידי. לפי הרכבת, בשעות העומס בימי השבוע תפעלנה שלוש רכבות מחיפה לתל אביב, במקום ארבע שפועלות כיום.
שינויים צפויים גם בקו בית שמש-ירושלים מלחה, בשל העובדה שהקו המהיר יחליף את הקו הישן בין בית שמש לבירה ירווחו זמני הרכבות בקו זה. במהלך ימי השבוע יופעל הקו במתכונת של רכבת אחת כל שעתיים ובימי שישי ובמוצ"ש יופעל הקו במתכונת של רכבת אחת לשעה.
ברכבת ישראל לעומת זאת טוענים כי ההכנות לקו החדש לא כוללות רק גזרות על הציבור, אלא גם תנאים משופרים. בקו מודיעין-נתב"ג-תל אביב-נהריה צפויים לפעול החל מספטמבר קרונות דו קומתיים חדשים, שיגדילו משמעותית את קיבולות הנוסעים ברכבות שמופעלות בקו הזה, שהופעל עד כה באמצעות רכבות חד קומתיות.
בנוסף, קיצור קו באר שבע-נהריה, שעבר עד כה במסילות החוף העמוסות, יאפשר לדברי רכבת ישראל, לנוסעי קו החוף שירות משופר שיכלול זמן עצירה ארוך יותר בתחנות חדרה מערב, נתניה ובית יהושע. תחנות אלה מאופיינות בכמות נוסעים גבוהה בשעות העומס, שלעתים גורם לעיכובים בלוחות הזמנים. לטענת הרכבת, בזכות הארכת זמן העצירה בתחנות ישופר גם הדיוק בקו בנימינה-רחובות/אשקלון.