שבעה חודשים אחרי התקרית בה נהרג פלסטיני במהלך המהומות ביום הנכבה בביתוניא, פרקליטות מחוז ירושלים הגישה כתב אישום נגד לוחם מג"ב בגין הריגה בעת ששירת כמפקד כיתה במשמר הגבול.
מחומר הראיות עולה שבניגוד לגרסת הנאשם, לפיה ביצע ירי גומי בהתאם להוראות שקיבל, הוא פעל באופן מכוון כאשר ירה ירי חי לעבר מרכז גופו של המנוח כשהוא מתכוון לכל הפחות לגרום לחבלה חמורה תוך צפיית האפשרות של מותו וכשהוא פועל להסתרת מעשיו בזמן אמת.
על פי כתב האישום, כחלק מההיערכות ל"יום הנכבה" הוצבה הפלוגה בה שירת הלוחם באזור הכפר ביתוניא. סמוך לשעה 11:00 מוקמו הנאשם ושישה לוחמים נוספים ומתעד צבאי בעמדה שלטת המשקיפה לעבר ציר מרכזי בביתוניא במטרה למנוע כניסת מפגינים לכיוון המחסום.
הנאשם ולוחם נוסף הוגדרו כמי שיבצעו ירי גומי לפיזור מפגינים במידת הצורך. בשלב מסויים הגיעו לאזור מפרי סדר אשר יידו אבנים לעבר העמדה, ובהם הפלסטיני כבן 17.
זמן קצר לאחר מכן, כאשר הפלסטיני צועד באזור וידיו לצידי גופו, כיוון הנאשם את נשקו לעבר מרכז גופו, וירה לעברו קליע חי במטרה לגרום לו חבלה חמורה, תוך שהוא צופה את האפשרות שיגרום למותו. הנאשם פגע במנוח באזור החזה והוא התמוטט במקום. במעשיו אלה גרם הנאשם למותו של המנוח שלא כדין.
כמה שעות לאחר התקרית נמתחה ביקורת נוקבת מצד הפלסטינים וגורמי שמאל בישראל ואף נערכו הפגנות. כוחות הביטחון טענו להגנתם כי לא בוצע ירי חי לעבר המפגינים אלא ירי של כדורי גומי. במקביל נבדק אם חמושים פלסטינים ביצעו ירי מאזור קלנדיה.
במהלך המהומות נהרגה גם מפגינה נוספת וגופתה וגופתו של מוחמד אבו טאהר הועברו לבית החולים הממשלתי ברמאללה, ולפי הממצאים של גורמי רפואה פלסטינים מוחמד נהרג מירי חי של כוחות הביטחון הישראלים.
כעת, כאמור, כוחות הביטחון הישראלים הגיעו למסקנה כי לוחם מג"ב ביצע ירי חי לעבר המפגינים וכתצואה מכך נהרג פלסטיני. והיום הוגש נגדו כתב אישום.