אחרי הבדיקות שהחלו בצה"ל על אירועי תחילת המלחמה לפני חמישה חודשים וחצי, הורה גם ראש השב"כ רונן בר לפתוח בתחקיר מבצעי בשורת אגפים ויחידות שקשורים לאירועי הטבח בעוטף ולריכוז המודיעין וההתרעות שקדמו לו. כך דווח היום (חמישי) ב ynet ו"ידיעות אחרונות".
גורמים בשב"כ המעורבים במערך הבדיקה המבצעית העריכו כי לאור העובדה שמדובר בתקופת לחימה ההערכה היא שהבדיקה תימשך פרק זמן ארוך ולפחות מספר חודשים. במקביל, גם מבקר המדינה מתניהו אנגלמן החל באיסוף חומרים משירות הביטחון הכללי לטובת הבדיקה שהוא מקיים.
לפי הדיווח של הכתב הצבאי יוסי יהושע, בשב"כ יתחקרו מה קרה בלילה שקדם לארועי הטבח, וההתייחסות להתרעה שהתקבלה על אפשרות לפעולת טרור גדולה של חמאס; את כרטיסי הסים הסלולרים שהחליפו מחבלי הנוח'בה לפני המתקפה; ובנוסף את העובדה שלא היה אף מקור אנושי, סוכן בתוך חמאס, שדיווח מראש על תוכניות הארגון.
כזכור, כבר בשלבים הראשונים למלחמה הודיע ראש השב"כ רונן בר : "האחריות עליי, לא הצלחנו לייצר הרתעה מספקת", וכעת החלו התחקורים בארגון כדי להבין מדוע זה קרה.