על רקע הפילוג הליטאי גברה בתקופה האחרונה התסיסה בישיבת כנסת יצחק בחדרה הנחשבת לאחת מספינות הדגל של עולם הישיבות הליטאיות כשחלק מהבחורים התערבו באופן פעיל בוויכוחים בנושאי הבחירות ושאלת הציות לגדולי ישראל מה שגרם להפרעה בסדרי הלימודים ובחיי הישיבה התקינים.
הבוקר קרא הרב יהושע ארנברג ראש הישיבה לאחד מבני משפחת שצ׳יגל הלומד אצלו בשיעור והורה לו ולשני אחיו לעזוב לאלתר את הישיבה וזאת לטענתו בשל העובדה שגרמו לתסיסה ועוררו את המחלוקת בין הבחורים.
יצוין כי מזה מספר חודשים נוצר קרע המאיים על שלמות הישיבה וזאת לאור העובדה שראש הישיבה הרב ארנברג והמשגיח הרוחני הרב טוביה נוביק נחשבים למזוהים עם הגאון הגדול הגר"ש אוירבך ואף תמכו בעקיפין במידה מסוימת בתנועת בני תורה.
מנגד מכהן בישיבה הנודעת כר״מ חתנו של מרן שר התורה הגר״ח קנייבסקי - הגר״ד אפשטיין המזוהה כמובן עם הנהגתם של גדולי ישראל חמיו הגר״ח וראש הישיבה הגראי״ל שטיינמן.
בישיבה ניסו במשך תקופה ארוכה ללכת ״בין הטיפות״ ולא לנקוט צד כלשהוא אולם בקרב הבחורים נוצרה סערה ותסיסה רבתי. הבחורים מציינים כי בני משפחת שצ׳יגל נחשבים לטובי הלמדנים וזריקתם מהווה משבר בחיי הישיבה.
לא מזמן עזבו עשרה בחורים את הישיבה לאחר שנועצו בגדולי הדור מספרים הבחורים וכעת הקרע הפנימי הולך וגדל הם אומרים בכאב. חבל על הישיבה המהווה בית יוצר לתלמידי חכמים וכעת שקועה במאבקים פנימיים המפריעים לשטייגען.
לכיכר השבת נודע כי במהלך החודש האחרון ביקש אביהם של הבחורים הרב שציגל הנחשב לאחד ממקורבי מרן הגר״ח קנייבסקי מראש ישיבת כנסת יצחק שיבהיר כי נשמע לגדולי ישראל ובראשם מרן הגראי״ל אולם בסופו של דבר הדבר לא יצא אל הפועל. אצלינו מכבדים את כולם. אמר הרב ארנברג לתלמידיו.