המחלוקת שפרצה במהלך החורף האחרון בישיבת 'כנסת יצחק' בחדרה משפיעה גם על סניף הישיבה בקריית ספר. אמש (שבת) התחוללה דרמה של ממש במהלך חגיגות שמחת בית השואבה בישיבה, כאשר הגר"י ארנברג, ראש הישיבה בחדרה, הגיע כשהוא מלווה בתלמידיו לריקודים בהיכל הישיבה.
אלא שמספר בחורים החליטו שלא לאפשר לו לשמוח במקום, התמרדו ואף כיבו את החשמל וניתקו את מערכת ההגברה של התזמורת שהייתה במקום, דבר שהביא לעצירת הריקודים.
בנוסף, חלק מהרבנים אף איימו לעזוב את המקום כמחאה באם הרב ארנברג ימשיך לרקוד עם התלמידים.
בסופו של דבר עזב דווקא הרב ארנברג את היכל הישיבה והריקודים המשיכו כסידרם, אולם על אף כל זאת, האירוע אמש עורר סערה גדולה בישיבה כאשר בפועל נוצר מצב בלתי נעים בו השמחה מופסקת בעיצומה.
מנגד, מקורביו של הרב ארנברג מספרים גירסה שונה, כאשר לדבריהם, ראש הישיבה הוזמן רשמית ואף כובד באמירת שיר המעלות ורקד עם הבחורים, אלא שלטענתם, פעילים מחוץ לישיבה הם אלו שכיבו את האור וגרמו לו לעזוב תוך שהם ממשיכים את מסע הרדיפה נגדו.
יצויין כי המשגיח בישיבה, ומי שבעצם אחראי על ההתנהלות הרוחנית, הינו הגר"ש נוביק - אחיו של הרב טוביה נוביק משגיח ישיבת כנסת יצחק בחדרה הנחשב למזוהה עם תנועת 'בני תורה'.
כזכור, במהלך החורף האחרון התעוררה סערה גדולה בישיבה הידועה, זאת לאחר שגדולי ישראל, מרנן הגראי"ל שטיינמן והגר"ח קנייבסקי הורו לבחורים לעזוב את הישיבה בחדרה זאת מאחר ולדבריהם, לא צייתו במקום לגדולי הדור, כשהם מכוונים בדבריהם להתבטאויותיו של הגר"י ארנברג.
בעקבות כך, פתחו פורשי הישיבה הוותיקה ישיבה חדשה בשם 'תורה בתפארתה' בנשיאות מרן הגראי"ל שטיינמן השוכנת כיום באלעד.
כאמור, האירוע אמש הינו המשך של אותה פרשה כאובה בה השפיעה המחלוקת בציבור הליטאי על מעמדה של הישיבה הידועה בצפון כאשר כעת החשש הוא שמאבקי השליטה יגיעו גם לישיבה בקריית ספר.