מנהל בית החולים 'שיפאא' נעצר והועבר לתחקור בשב״כ לאחר שנחשפו עדויות רבות לכך שבית החולים תחת ניהלו הישיר, שימש כמפקדה של ארגון הטרור חמאס.
לטענת צה"ל והשב"כ, ארגון הטרור חמאס ניצל משאבים רבים, ביניהם חשמל על מנת לתחזק את מערכת המנהור שבנה תחת בית החולים, בנוסף, החמאס אחסן אמצעי לחימה רבים בבית החולים ובסביבתו.
מעבר לכך, מדגישים בצה"ל ובשב"כ, בהודעה משותפת, כי לאחר הטבח שביצע ארגון הטרור חמאס בשמחת תורה, הארגון השתמש בבית החולים כמקלט עבור מחבליו ואף לקח לשם חטופים ישראלים שנחטפו ביום הטבח. דו"ח פתלוגי אישר כי רצח רב"ט נועה מרציאנו אירע בשטח בית החולים.
עוד נאמר בהודעה כי "בבית החולים תחת ניהלו התקיימה פעילות טרור ענפה של ארגון הטרור חמאס. החלטה בנוגע להמשך החזקתו תתקבל בהתאם לממצאי החקירה ולמעורבות מנהל בית החולים בפעילות טרור".