בישיבת פוניבז' ממשיכים את הנהגתו של "הרב מפוניבז'", הגאון רבי יוסף שלמה כהנמן זצ"ל, לתלות את דגל ישראל בגג הישיבה ביום העצמאות.
גם הבוקר (רביעי) הדגל ישראל נתלה על גג הישיבה, וצפוי להישאר שם למשך שמונה שעות.
יחד עם זאת, בהיכל הישיבה אין שום זכר ליום העצמאות, התפילות - כולל אמירת תחנון והשטייגען, ממשיכים כסדרם.
